Las enzimas recibieron nombres ligados más bien a s u procedencia y que no siguen ninguna regla o sistema, como la papaína que como su nombre lo dice proviene de la papaya. Al descubrir nuevas enzimas y proceder a su caracterización estricta se aplicaron reglas de nomenclatura basadas en el nombre del sustrato, o en la reacción catalizada y se ha añadido, convencionalmente la terminación asa.
La Unión Internacional de Bioquímica adoptó el sistema de clasificación y nomenclatura, que se basa en la reacción catalizada que es la propiedad específica que caracteriza a cada enzima, las cuales se agrupan en clases, porque catalizan procesos semejantes y en subclases que especifican con mayor exactitud la reacción particular considerada.
El nombre de cada enzima tiene dos partes la primera es el nombre del sustrato y la segunda el tipo de reacción catalizada. No obstante las ventajas de esta nomenclatura, no ha tenido mucho éxito, pues a menudo los nombres resultan largos y complejos, haciendo más difícil excluir el uso de los nombres comunes.